黃曲霉毒素具有熱穩定性，一般的烹煮方式無法去除。黃曲霉毒素與人類肝癌有關，對乙肝表面抗原陽性的人影響尤甚。丙肝病毒攜帶者也可能會受影響。有報告指出，就感染慢性乙肝病毒并攝入黃曲霉毒素的人而言，其患肝癌的風險比只攝入黃曲霉毒素的人高30倍。黃曲霉毒素可經胎盤影響胎兒，導致幼兒發育不健全。哺乳期女性攝入含黃曲霉毒素的食品后會代謝成黃曲霉毒素M1分泌到母乳中，從而使嬰兒攝入黃曲霉毒素。動物試驗結果還表明，黃曲霉毒素可能會使生殖能力受損。

　　黃曲霉毒素對人體和動物的危害主要體現在黃曲霉毒素的免疫抑制性及“三致”（致突變、致癌、致畸性）危害性。據研究表明，黃曲霉毒素對多種癌癥的發生都具有誘導作用，尤其是對肝臟具有很強的破壞作用，在一定劑量下可能直接誘導原發性肝癌的發生，雖然對于人的致癌性危害尚缺乏直接證據，但諸多流行病學調查認為，大量攝入黃曲霉毒素與人原發性肝癌的發生具有相關性。

　　黃曲霉毒素作為一種劇毒物質，致癌性僅僅是其危害的冰山一角，短期大量攝入黃曲霉毒素可造成黃曲霉毒素的急性中毒，出現包括急性肝炎、肝組織出血性壞死等肝損傷，哪怕是少量的黃曲霉毒素，若是長期攝入也會出現肝纖維化、生長發育遲緩、不孕、胎兒畸形等慢性中毒癥狀。